Deux ans après la mort d'Elizabeth Keen, l'unité spéciale ne fonctionne plus. Personne ne sait où se trouve Raymond Reddington. Dembe, devenu agent du FBI, est blessé tandis que son partenaire est tué. C'est alors que Cooper décide de rassembler l'unité spéciale afin de trouver Reddington...

L'unité spéciale continue à rechercher The Skinner qui a kidnappé un programmeur et sa famille dans le but de s'emparer d'une micropuce rare. Les capacités de l'unité sont mises à l'épreuve. Pendant ce temps, Cooper fait appel à un ancien collègue, qui est maintenant sénateur. En effet, il a besoin de son aide...

Reddington engage l'unité spéciale pour trouver The Supreme Priori Knighthood. Leur chef, Robert Vesco, s'est enfui avec l'argent de Reddington. De son côté, Aram doit faire face à une décision difficile. Park a une discussion avec Ressler à propos de son test de dépistage de drogue. Reddington rencontre Agnès...

Dembe rend visite à Reddington, qui l'envoie sur la piste de Avenging Angel. Park aide Ressler à réussir son test de dépistage de drogue. Cooper se réveille et découvre que Doug Koster, l'homme avec lequel Charlaine avait une aventure, est mort. Cependant, il n'a aucun souvenir de cet évènement...

Reddington donne des informations à Dembe et à l'unité spéciale sur une affaire impliquant la technologie militaire DARPA. La position de Dembe en tant qu'agent du FBI provoque de plus en plus de complications pour Red. Park doit mentir à son mari concernant son travail. Harold et Charlene sont interrogés sur la mort de Doug Koster...

Un membre du Congrès survit à un attentat. Red informe Cooper que la véritable cible était sa femme, qui a pris une balle. Puis, Red lance une nouvelle enquête pour découvrir si Elizabeth Keen connaissait son identité avant de mourir il y a deux ans. Cooper passe un test balistique...

A l'approche de l'anniversaire tragique, Donald Ressler prend un jour de congé et se dirige vers la tombe d'Elizabeth Keen. Dans une série de flashbacks, il se souvient des évènements qui ont eu lieu le lendemain de la mort d'Elizabeth. Chemin faisant, il essaie d'améliorer son état mental...

Sam Rhode, un joueur de tennis professionnel, est interviewé par la presse sur la qualité de son jeu qui ne semble pas pâtir des années qui passent. Un des journalistes l'interroge sur ses relations avec le docteur Razmik Maier, un pharmacologue allemand. A cette question, Sam se crispe. Peu de temps après, le joueur décède d'une crise cardiaque provoquée par l'injection d'un produit dopant...

Les membre de l'unité sont victimes d'attaques coordonnées. En danger et plus que jamais hanté par les événements des deux années écoulées, Dembe se remémore les raisons qui l'ont poussé à devenir agent du FBI, mais également les circonstances de la mort d'Elizabeth et son rôle dans ce décès...

Red lance des investigations sur Arcane Wireless, une organisation qui a mis sur pied un réseau téléphonique inviolable qui permet aux criminels de passer sous les radars de la police. L'homme à la tête de cette entreprise illicite a de grandes ambitions et compte inonder le marché noir avec ses téléphones...

Red confie à Dembe une enquête sur le Conglomérat, une organisation de tueurs à gages, lui suggérant de faire appel à Alina Park qui aurait des information sur ce groupe criminel. Interrogée par Dembe, celle-ci prétend ne rien savoir. La jeune femme reproche ensuite à Red d'avoir fouillé dans son passé...

L'unité traque le Président, un criminel qui gère un marché boursier spécialisé dans l'échange d'actions d'organisations mafieuses sur le dark web. Red connaît l'une des entreprises cotées, BKRC, un groupe albanais qui pratique le blanchiment d'argent et l'extorsion. Cooper prend contact avec son maître-chanteur...

Le diplomate Dan Warren décède par asphyxie érotique lors d'un rendez-vous avec une escort girl. Red découvre que le défunt venait de faire appel à une nouvelle agence, Genuine Models. Avant que l'unité n'ait eu le temps d'intervenir, c'est un député qui décède dans des circonstances similaires...

Sheila, la belle-fille disparue de la sénatrice Cynthia Panabaker, est retrouvée par un couple de campeurs, émaciée et hagarde. La femme politique charge Red de retrouver l'auteur de son enlèvement. Le médecin qui s'occupe de Sheila découvre deux noms féminins gravés sur une de ses jambes...

Andrew Kennison ayant disparu, Red inscrit son nom sur la liste noire. Cooper est paniqué par cette nouvelle. Tout en chargeant Dembe et Ressler de retrouver Kennison, il révèle à Lew que les personnes responsables de cette disparition pourraient bien être les auteurs du meurtre de Liz...

Red suit une nouvelle piste qui pourrait permettre de faire enfin toute la lumière sur le meurtre de Liz et la tentative de chantage dont Cooper est victime. L'unité est sous le choc lorsque l'un des siens est arrêté. Bien que libéré sous caution, l'agent n'est plus autorisé à travailler dans l'unité...

Lorsqu'Aram est kidnappé par le chef d'un cartel, Red est appelé à l'aide. Par ailleurs, ce dernier enquête sur le braquage d'un coffre-fort dans lequel il avait déposé des enregistrements destinés à Elizabeth…

Pour une raison que lui seul connaît, Red est à la recherche d'un ancien associé. De son côté, l'unité traque un criminel qui vend des substances psychédéliques illégales.

Sur les conseils de Red, Aram se soumet à une psychothérapie psychédélique pour tenter de surmonter le burn out qui l'a envahi depuis sa nomination à la tête de l'unité. Pendant son voyage mental, il fait face à un homme portant un masque à tête d'ours, qui tue les membres de l'unité…

Après avoir découvert que l'argent qu'il a placé la banque Caelum a été détourné et utilisé pour financer les meurtres de Lacroix et Reggie Cole, Red demande de l'aide à l'unité spéciale pour localiser la forteresse volante qui tient lieu de siège à l'établissement financier...

Red et l'unité spéciale ont découvert l'identité de la personne qui les a trahis. Ils tentent de capturer la personne qui a orchestré la mort de Liz.

Red et Cooper sont en désaccord total sur le sort à réserver au traître. Un secret concernant l'unité spéciale tombe entre de mauvaises mains.