Tout semble s'être arrangé pour Liz, Tom et leur enfant. C'est alors que la situation bascule lorsque la jeune femme et sa petite fille sont enlevées. Leur kidnappeur, Alexander Kirk, est-il réellement le père de Liz, comme il le prétend ? Red entre en scène et se lance à la recherche de Liz...

Red informe Tom et l'équipe d'intervention qu'un chasseur de primes pourrait posséder des informations sur les déplacements d'Alexander Kirk. De son côté, Liz se demande s'il est raisonnable de faire confiance à Kirk...

Red et les agents prennent des mesures exceptionnelles pour traquer Miles McGrath. Alexander Kirk contacte un mystérieux groupe de hackers, réputé capable de pirater les systèmes informatiques les plus sécurisés au monde. Red et Liz y voient une occasion de s'infiltrer dans l'organisation de Kirk...

Red lance Liz et l'équipe sur la piste d'un écoterroriste nommé Gaia, qui semble avoir des liens avec Alexander Kirk. Tom décide de prendre les choses en main. L'équipe découvre bientôt les projets de Gaia : faire exploser un site nucléaire pour se venger des radiations dont il a été victime...

La loyauté de Liz est mise à l'épreuve lorsque Red se lance dans une opération périlleuse pour mettre la main sur Alexander Kirk. Pendant ce temps, le reste de l'équipe recherche un tueur, employé par le bureau des brevets, qui s'en prend exclusivement à des inventeurs de technologies révolutionnaires...

Lorsque la force d'intervention accule Alexander Kirk, Liz découvre qu'il est réellement son père biologique. Désemparée, elle ignore si elle peut lui faire confiance. Cependant, le groupe d'intervention s'intéresse de près au contrat qu'a passé Kirk avec un groupe de piratage des systèmes informatiques...

Red dirige les forces spéciales et traque une scientifique, dont les travaux sur le sang ont un lien avec le réseau de Kirk. Cependant, l'état de santé d'Alexander Kirk empire de façon dramatique. A l'hôpital, le diagnostic tombe : s'il ne reçoit pas de cellules souches rapidement, ses jours sont comptés...

Kirk a organisé son évasion de l'hôpital et en a profité pour emmener Liz dans sa cavale. Tom se lance à leur poursuite. Il est sur le point d'être capturé également, mais Ressler arrive à temps pour le sauver. Red, lui, a réussi à mettre la main sur Adrian Shaw et lui demande de l'assister...

Après la disparition d'Alexander Kirkr, Liz tente de reprendre une vie normale auprès de Tom. De son côté, Red fait jouer ses relations pour se faire pardonner auprès de Liz et la réintégrer au sein du FBI. Au cours d'une enquête sur un terroriste, il devient évident qu'une taupe sévit au sein de l'équipe...

Liz découvre un diorama sur le pas de sa porte. La boîte contient tous les détails macabres de la scène d'un crime qui n'a pas encore été commis.

Liz doit faire ses preuves auprès de la chef d'un gang composé uniquement de femmes. Elle infiltre cette organisation pour arrêter ses membres avant qu'elles ne commettent leur prochain crime. De son côté, Red rencontre des problèmes inattendus. Tom se concentre sur ses devoirs paternels...

Une jeune femme, atteinte d'une maladie incurable, tue le comptable de Red. Red charge le FBI de découvrir qui a accompli ce geste et pourquoi. L'enquête révèle que cette femme a été engagée comme tueuse par Isabella Stone. La criminelle récolte ainsi de l'argent pour aider son petit ami...

Un autre membre de l'équipe de Red est pris pour cible. Aussitôt, la force opérationnelle se met en route pour tenter d'arrêter le criminel qui attaque Red. L'équipe est également mobilisée pour retrouver Isabella Stone, qui cherche à atteindre Red en s'en prenant directement à ses associés...

Aram enquête sous couverture et endosse l'identité d'un pirate informatique pour traquer un hors-la-loi, qui cherche à commettre le crime parfait. Tom poursuit les recherches sur son passé. Red s'efforce de comprendre ce qui a fait capoter ses initiatives...

Red se réveille à l'hôpital, où il apprend qu'un poison mortel lui a été inoculé. Dans un état second, il n'a aucun souvenir des événements survenus la veille. Il cherche Liz pour lui faire part de ses soupçons : il pense avoir été empoisonné par un homme sans scrupules, surnommé le Pharmacien...

Désireux de démasquer celui a qui a fait tomber son empire, Reddington poursuit ses recherches. Dembe kidnappe Aram, un allié susceptible de l'aider à trouver l'identité de celui qui a réellement empoisonné Red. Samar essaie en vain de lutter contre les sentiments qu'elle éprouve pour Aram...

La sinistre Kaplan collectionne tous les corps qu'elle a nettoyés pour le compte de Red, afin de les utiliser contre lui et le détruire définitivement. Un retour en arrière dans les années 60, 70 et 80 montre une jeune Kaplan, connue sous le nom de Kathryn Nemec, qui se fait engager par la maman de Liz...

L'équipe est à la recherche d'une chasseur de primes rusé, embauché pour s'occuper des plus proches associés de Red. Pendant ce temps, Ressler est confronté à un dilemme quand on lui propose le poste d'un ancien collègue...

Red aiguille l'équipe sur la piste d'un individu particulièrement outillé pour manipuler les souvenirs, ce qui conduit Liz à interroger ses propres expériences. Gale intensifie ses efforts, mais Ressler prend de l'avance sur la disparition du fonctionnaire du département de la justice Reven Wright...

Liz devient la cible d'un mercenaire. Red tente l'impossible pour la sauver et prend contact avec une source bien peu recommandable. Ressler fait face à des complications inattendues...

Les associés de Red le quittent, tandis que monsieur Kaplan vide ses comptes. Aram est appelé à témoigner. Julian confie à Ressler qu'il détient des informations au sujet de Red. Mario Dixon a été employé par monsieur Kaplan afin d'obtenir des indices sur Red, y compris son contrat d'immunité...

Red et Kaplan ont une explication en face à face : celle-ci lui reproche d'avoir voulu la tuer, démontrant ainsi qu'il n'était intéressé que par ses intérêts.