L'équipe de la brigade criminelle connaît des remous. L'inspectrice Megan Russert, enceinte, est partie vivre en France. De retour au poste après son attaque cérébrale, Frank Pembleton, qui garde d'importantes séquelles, doit se cantonner à un travail de bureau. Une fusillade éclate dans un collège : quinze enfants et un professeur sont retenus en otage...

La prise d'otages se poursuit dans la nuit, Giardello somme Barnfather d'agir au plus vite. Pendant ce temps, le forcené trahit son identité en exigeant que lui soit remis son porcelet domestique. Il met alors le feu à l'établissement et provoque la mort de l'un des otages...

Une émeute éclate au sein d'une prison : deux détenus sont tués. Bayliss, Lewis, Kellerman et Howard ont la lourde tâche d'interroger les prisonniers. L'un d'entre eux semble détenir des informations capitales pour le bon déroulement de l'enquête, mais a peur de révéler la vérité. Bayliss se charge de le faire parler...

Kellerman, faisant secrètement l'objet d'une enquête pour corruption, est relégué à des tâches administratives, rejoignant Pembleton, qui a échoué à son épreuve de tir. Ce dernier relativise ses petites misères en se comparant à un enfant, victime lui aussi d'un accident vasculaire cérébral...

Les relations entre Julianna Cox, la médecin légiste, et la brigade se tendent : les aveux de l'assassin d'une prostituée ont en effet permis de découvrir des falsifications dans les dossiers médicaux. Entretemps, le FBI poursuit son enquête sur le rôle de Kellerman dans une affaire de corruption...

Quand Kellerman aperçoit sa photo dans un journal à côté de celles d'autres suspects dans une affaire de corruption, il affronte Gail Ingram qui dirige l'enquête. Celle-ci lui conseille de se soumettre au détecteur de mensonges et de dénoncer les policiers suspectés d'avoir trempé dans l'affaire...

La brigade enquête sur trois meurtres. L'un d'entre eux concerne une jeune femme dont la voiture a été volée. Le petit garçon de la victime a disparu. Giardello, Bayliss, Lewis et Munch suivent différentes pistes, et c'est finalement Pembleton qui permet à Bayliss d'avancer dans son enquête...

Bayliss et Lewis enquêtent sur le meurtre d'un jeune Noir qui a eu lieu dans un prestigieux établissement d'enseignement supérieur. Kellerman, en passe d'être inculpé pour corruption, découvre que les autres suspects ont aggravé son cas pour alléger le leur. Pembleton décide de se présenter à nouveau à l'épreuve de tir. J.H. Brodie, expulsé de son logement, se retrouve à la rue...

Pembleton se retrouve aux côtés de Bayliss, pour sa première enquête depuis son retour. Il s'agit de l'assassinat d'une femme divorcée et de ses deux enfants. Bayliss soupçonne l'ex-époux, Pembleton le nouvel amant. Lewis et Munch, eux, suivent une affaire de drogue qui les mène de nouveau à Luther Mahoney...

Frank Pembleton hérite d'un nouveau dossier explosif : la fiancée de Danvers a été assassinée dans une boutique alors qu'elle essayait sa robe de mariée. Danvers n'a guère confiance en Pembleton qui, à ses yeux, n'a jamais fait la preuve de ses compétences. Assailli par le doute, soumis à des pressions tant internes qu'externes, ce dernier n'en poursuit pas moins son enquête...

Le soir du Nouvel An, les policiers visionnent un documentaire réalisé par Brodie sur le travail de l'unité. Il contient des révélations sur des enquêtes que Pembleton et Bayliss ont menées, ainsi que des images de Kellerman et Lewis poursuivant un suspect pendant le tournage de l'émission Homicide...

Le corps sans vie d'une jeune fille est retrouvé sur le bord de la route. Pembleton et Bayliss sont chargés de l'enquête. Alors que Bayliss ne veut plus travailler avec Pembleton, celui-ci parvient à obtenir des informations auprès de la mère de la victime...

Déçu du traitement que la presse lui a réservé pendant son procès, Kellerman débute une nouvelle enquête : le meurtre d'un épicier asiatique qui voulait chasser des trafiquants de drogue opérant près de sa boutique. Le principal suspect est Luther Mahoney, qui pourrait une fois de plus échapper à la justice....

Lewis et Pembleton enquêtent sur le meurtre d'une femme fortunée. Le mobile du crime semble trouver son origine dans la rivalité entre les deux enfants de la victime. Le suspect accuse la police d'avoir volé la bague en diamants de sa soeur. Cox veut vérifier si le bijou a pu être volé par un membre de l'équipe...

Giardella est séduit par l'aplomb d'une journaliste qui se mêle de l'enquête menée par Pembleton sur l'assassinat d'un policier. Pendant ce temps, les frères de Kellerman débarquent en lui demandant de leur prêter son bateau pour ouvrir une affaire de transport maritime...

Le suicide présumé d'un étudiant intrigue Brodie, qui flaire un meurtre. De leur côté, Pembleton et Mary ont rendez-vous avec un conseiller conjugal. Pembleton, mettant de l'eau dans son vin, accepte qu'Olivia soit baptisée. Bayliss et Kellerman tentent de trouver un lien entre deux explosions mortelles...

Une femme qui jadis inspira de tendres sentiments à Munch est retrouvée morte, assassinée. Alors qu'il enquête avec Kellerman, Munch entre en conflit avec sa foi. Pembleton vit une situation assez semblable depuis que Mary l'a quitté...

Bayliss, en compagnie de Pembleton, enquête sur le meurtre d'un homme abattu chez lui. L'affaire éveille bientôt en lui de douloureux souvenirs.

Lorsqu'un convoyeur de drogue est retrouvé mort, la brigade décide d'arrêter son patron, Luther Mahoney. Par ailleurs, un nouveau témoignage amène Munch à se repencher sur une vieille affaire de meurtre. Il découvre que la victime n'est pas celle qu'il pensait. De leur côté, Tim et Franck font à nouveau équipe ensemble...

Traqué par la police, un homme armé se réfugie dans les locaux de l'ARM, le Mouvement pour la renaissance africaine. Le chef de cette organisation extrémiste, un ancien policier du nom de Burundi Robinson, tente de protéger le fugitif. John Munch et Frank Pembleton sont chargés de l'affaire...

La victime d'un suicide suspect se révèle être un agent infiltré dans un réseau de malfaiteurs. L'affaire est délicate pour Pembleton, qui ne peut pas dévoiler l'identité de l'agent sans compromettre l'enquête menée par ses collègues de la police secrète. Megan Russert rentre précipitamment d'Europe...

Pour résoudre l'affaire du meurtre de Felton, l'agent infiltré, Pembleton, Gharity et Falsone unissent leurs efforts et leurs compétences. Tous trois font une découverte surprenante. Mary et Frank décident de se remettre ensemble. Cette bonne nouvelle est bientôt suivie d'une autre...