Kara est surprise de constater que Lena a vendu CatCo à un nouveau propriétaire et qu'un journaliste connu y a été engagé. Nia et Brainiac avancent petit à petit dans leur relation. Lors d'une attaque, le costume de Supergirl est détérioré, Brianiac entreprend de lui fabriquer une nouvelle tenue...

Supergirl, Alex et Brainiac sont à la recherche de Malefic, le frère de J'onn, tandis que William enquête sur Kara. J'onn et Kelly utilisent la technologie Obsidian pour résoudre un problème. Ils découvrent qu'une partie de la mémoire de J'onn a été effacée. Andrea découvre que Lena travaille sur un projet en utilisant son savoir. Elle en profite pour surcharger Kara de travail...

Kara ne sait pas comment s'y prendre avec Lena après lui avoir caché sa véritable identité. Elle lui propose de dérober les carnets secrets de Lex. Avec l'aide de Nia, J'onn J'onzz plonge plus profondément dans ses souvenirs et se rend compte qu'il est responsable de ce qu'est devenu son frère...

Kara suit William Dey jusqu'à Mexico City pour faire toute la lumière sur ses activités criminelles. Elle en arrive à la conclusion qu'il n'est pas celui qu'il prétend être et qu'il ne fait que son travail de journaliste. Au même moment, le conflit entre Malefic et J'onn J'onzz atteint un point critique...

A la veille du lancement des lentilles de contact en réalité virtuelle d'Andrea, Kara et William font équipe dans le cadre d'une enquête qui met au jour un complot terroriste. Kelly et Alex célèbrent l'anniversaire de leur rencontre, mais Alex se retrouve en danger lorsqu'une vague géante déferle sur la ville...

Rip Roar derrière les barreaux du DEO, Supergirl essaye d'en apprendre davantage sur ses motivations. Andrea cherche de l'aide auprès de Lena et les deux jeunes femmes se remémorent leur jeunesse et l'histoire du médaillon d'Acrata. Lena découvre le terrible secret de son amie. Le nom de Léviathan est de plus en plus souvent lié aux méfaits...

Alors qu'elles se rendent au Fort de la Solitude, Supergirl apprend enfin la vérité sur ce qui trouble Lena alors qu'elle même est en plein tourment avec Léviathan. J'onn J'onnz découvre où se trouve son frère. Il part le retrouver pour s'excuser. Alex fait un malaise lors d'une intervention...

La lutte de Supergirl contre Léviathan atteint son point culminant quand elle affronte Rama Khan. Alors que Lena et Hope travaillent au lancement du Projet Non Nocere, Hope s'avère être un atout inestimable pour Lena. Alex doit prendre une décision difficile : détruire le bunker où se trouve Lena...

La Terre est en crise. Tous les superhéros joignent leurs pouvoirs pour stopper la menace et mettre un terme au chaos. Des mondes s'effondrent et des héros tombent. Pendant ce temps, J'onn et Alex recrutent Lena pour les aider à trouver un moyen de sauver le peuple de la Terre-38. Elle peut les aider...

La crise laisse Supergirl face à une situation chaotique : les mondes transverses se sont emmêlés et certains ont été totalement détruits. Lex, que tout le monde voit désormais comme un saint, a pris la direction du DEO. Lena est plus que jamais dans une quête désespérée d'affection...

Tandis que Supergirl et ses acolytes affrontent le double de Toyman, Winn Schott revient du futur pour faire des révélations. Brainiac est perdu et a du mal à se tenir éloigné de Nia. Kara se rapproche de William Dey qu'elle essaye de protéger...

Supergirl aide Winn à surmonter sa plus grande peur tandis que Brainiac doit choisir entre aider Alex à trouver des preuves contre Lex ou continuer à travailler secrètement pour lui. Il s'agit d'un choix difficile à prendre pour lui, d'autant plus que Lex lui confie une mission importante...

Kara reçoit la visite de Mxyzptlk, qui lui explique avoir été jugé dans la Cinquième Dimension pour ses mauvaises actions. Aujourd'hui, il doit utiliser ses pouvoirs pour aider les gens à qui il a fait du mal. Il propose à Kara de réécrire son histoire, en disant la vérité sur son identité à Lena...

Lex charge Supergirl de protéger Andrea lors de ses conférences, mais son véritable objectif va au-delà du simple maintien en vie d'Andrea. Pendant ce temps, Lena avance sur le projet Non Nocere, avec l'aide de son frère. Alex confie ses doutes à J'onn et Kara finit par accepter un diner avec William...

La colocataire de Nia, Yvette, est attaquée par un homme qui veut s'en prendre à Dreamer. Déterminée à protéger sa communauté transgenre, Dreamer refuse de céder à ses menaces et se met en danger pour l'arrêter. Supergirl se tient à ses côtés et fait appel à Brainy. Pendant ce temps, Alex, J'onn et Kelly tentent de sauver un homme coincé dans une salle de réalité virtuelle...

Alex utilise une paire de lentilles de contact d'Obsidian pour voir National City dans un monde virtuel. Elle se rend compte qu'elle y est une tout autre personne. Pendant ce temps, Kelly aide William à enquêter sur Lex. Kara se retrouve devant un cas complexe...

Lex met en place un plan complexe pour se rapprocher de Lena, vaincre la dernière attaque de Leviathan et opposer Supergirl et son équipe à ce dernier. Par la même occasion, Lex révèle comment il est arrivé au pouvoir après la crise...

Supergirl et son équipe affrontent Rama Khan et Leviathan. Lena et Lex doivent unir leurs forces lorsque le Projet Non Nocere échoue. Des groupes de prisonniers comment à se révolter, mettant Lena et Lex dans une situation périlleuse...

Supergirl réalise qu'elle doit travailler avec Lena pour arrêter Lex et Leviathan ; Nia se débat avec ce que ses rêves essaient de lui dire et Brainy finit par réaliser qu'il n'y a qu'une seule façon d'arrêter Lex...