Smallville tente de se remettre de l'affrontement entre Tal-Rho et Superman. Lois et Clark ont des problèmes de couple, tandis que Chrissy doit s'adapter pour diriger La Gazette avec Lois. Pendant ce temps, Kyle s'inquiète de l'implication de Lana auprès d'un nouveau candidat à la Mairie...

Superman a des visions de plus en plus violentes. Il veux en savoir plus auprès de son frère, qui ne représente plus de danger maintenant qu'il a été privé de ses pouvoirs. Tal-Rho l'emmène dans sa forteresse où il fait apparaître leur mère Lana. Elle lui explique que ses visions sont liées à un autre être...

Lois contacte le Général Lane, à la retraite, lorsque les visions de Clark empirent au cours d'une dispute houleuse avec Jonathan et Jordan. Pendant ce temps, Lana fait part de ses frustrations à Kyle concernant sa candidature à la Mairie. Enfin, Natalie apprend que son père n'a pas respecté sa promesse...

Loïs tente de soustraire sa soeur Lucy à l'emprise d'Ally Allston, gourou d'une secte. Lucy, elle, conteste l'article écrit il y a plusieurs années par Loïs et visant Ally Allston. Chrissy se met également à douter du professionnalisme de Loïs. Superman se confronte à son double maléfique. Kyle a peur que ses vieux démons refassent surface.

Lana, Kyle et Sarah se préparent pour la quinceañera de Sarah, mais les choses ne se passent pas aussi bien qu'ils l'espéraient. Clark se retrouve aux prises avec un fort sentiment de culpabilité en raison de ce qui est arrivé à John Irons. Loïs se demande si la secte a un lien avec la créature en métal...

Lois annonce à Clark que Chrissy et elle ont l'intention d'approfondir leurs recherches sur la secte. Lana et Sarah tentent de se réconforter l'une l'autre après la quinceañera. Jordan remarque un inhalateur dans le sac de livres de Jonathan, mais celui-ci prétend qu'il s'agit de celui de Candice...

Superman et Tal-Rho parviennent à s'évader de prison. Anderson décide de les affronter en inhalant de la X-K. Pendant ce temps, lorsque le maire utilise le thème des valeurs familiales comme argument de campagne pour sa réélection, Lana décide de contre-attaquer. Sarah reprend contact avec Aubrey.

Lois, Clark, et Natalie constatent que John Henry a des séquelles de ses blessures. Il a des troubles de la mémoire et tous craignent que ce soit définitif. Kyle et Lana font leurs premiers pas dans cette nouvelle vie de parents séparés. Jordan fait faux bond à Sarah alors qu'elle l'attend avec Aubrey. Il fait passer son frère avant sa vie privée.

Cela fait maintenant un mois que Clark a disparu. Loïs doit se débrouiller seule avec ses deux adolescents et le monde doit faire face à des catastrophes, sans l'aide de son super-héros. Le jour des élections municipales est arrivé. Loïs vient aider Lana et la remercie d'avoir défendu Jonathan.

Superman traverse le portail pour poursuivre Ally Allston et se retrouve alors dans un monde étrange. Tout dans cet endroit parallèle est déroutant, puisqu'il rencontre des homologues de certaines personnes qu'il connaît. Il se lance alors dans une course-poursuite pour empêcher la fusion des deux Ally...

Jonathan-EI tente de faire venir Jonathan, son double, depuis la Terre Bizarro afin de fusionner et ainsi décupler sa force. Jordan tente d'intervenir. Malheureusement pour lui, Jonathan-EI semble beaucoup plus fort et plus rapide que lui et le tient en échec. Heureusement, Superman intervient.

Clark a avoué sa double identité à Lana et cela s'avère lourd de conséquences dans leurs relations. Loïs décide alors de tout dire à Lana, à commencer par le secret de Jordan. Ce dernier a du mal à supporter le silence de Sarah depuis leur rupture. Sarah, quant à elle, met ses émotions en musique...

A la suite de la décision de Lana, Jordan est très malheureux de devoir désormais éviter Sarah. Pour le consoler, son père l'emmène dans sa forteresse pour qu'il s'entraîne à voler. Natalie a construit sa propre armure pour pouvoir aider son père à combattre Ally. Après un refus catégorique de sa fille, John Henry change d'avis...

Les deux mondes commencent à fusionner. Le ciel devient peu à peu rouge. Lana est informée de la situation. En plein conseil municipal, elle révèle que, cette fois-ci, Superman ne pourra pas sauver les habitants de Smalville. John demande à Natalie de protéger sa nouvelle famille pendant qu'il combat Ally.

La fusion des mondes semblant inéluctable, Chrissy conseille à chacun de rejoindre ses proches. Les habitants sont transportés d'un monde à l'autre. Loïs fait partie de ceux qui sont séparés de leur famille. Natalie apporte à John Henry sa capsule de sauvetage et ils l'utilisent pour détruire les portails.