Naya Temple, une ancienne membre du FBI, est recrutée par le bureau des échanges, qui tient à vérifier qu'il n'y a plus aucun agent infiltré en son sein. Le passage entre les deux univers est fermé depuis l'attentat, et Howard tente tant bien que mal de se fondre dans les habitudes de son alter ego...

Harassé par sa détention au cours de laquelle il est interrogé sans relâche par Osman, Howard refuse pourtant de dénoncer sa femme et de croire qu'elle est impliquée dans la conspiration Indigo. Emily Prime se voit offrir une promotion à la tête du bureau stratégie. Elle part sur la piste de Mira et Aldus...

Howard est transféré vers Echo, un site top secret. Pendant ce temps, son alter ego est contacté par la section 2 : des agents sont restés bloqués dans cet univers après la fermeture des portes. Ils espèrent pouvoir mettre la main sur Lambert pour se servir de lui comme monnaie d'échange...

Howard, Quayle et Claire sont contraints de s'unir pour éliminer un ennemi commun. Dans l'autre monde, Emily tente d'en savoir plus sur son double. Et Yanek sonde le passé d'Howard...

Confronté à un revenant, Quayle va devoir gérer une nouvelle crise, sous peine d'être démasqué. Pendant ce temps, Claire est encore sous le choc de ses retrouves avec un fantôme du passé. De l'autre côté, Shaw a été pris en faute : saura-t-il redorer son blason auprès de la D.G. ? De son côté, Mira se prépare à passer à l'action...

Les retrouvailles avec sa fille confronte Yanek à son passé. L'occasion d'effectuer un retour dans les années 80 pour découvrir l'origine de la dimension parallèle, née d'une expérience scientifique...

Emily suit une piste intéressante impliquant un scientifique. De son côté, Osman découvre des caisses suspectes. Naya se demande si elle doit faire confiance à Howard. Elle commence à penser que non...

Howard Prime et Emily tentent de découvrir ensemble les projets d'Indigo. Baldwin se voit rappeler qu'elle doit honorer son contrat et abattre Emily. Clare et Peter trouvent refuge dans un lieu abandonné...

L'équipe prend une décision historique qui a de fortes répercussions. Emily lance un avertissement qu'il vaudrait mieux prendre en compte. Quayle, Claire et Temple enquêtent sur la cellule Indigo. Howard Prime retrouve un ancien contact...

Contre toute attente, les menaces proférées par Mira provoquent la formation d'alliances quelque peu inhabituelles...