Quand Lois Lane et Jimmy Olson sont attaqués par un fantôme, ils n'ont d'autre choix que de faire appel aux spécialistes : la société Mystères associés. Ils font alors connaissance avec Fred, Daphné, Vera et Sammy, tandis que Scooby-Doo sympathise avec Krypto, qui n'est autre que le chien de Superman.