Deux ans se sont écoulés. Tandis que Phil Leotardo rend visite à Johnny Sack en prison, Tony, quant à lui, s'inquiète beaucoup des répercussions de cette affaire sur la vie de sa famille, aussi bien à New York que dans le New Jersey. Quant à Eugene Pontecorvo, il hérite d'une somme colossale...

Un nouveau décès est à déplorer au sein de la grande famille des Italiens qui contrôlent le New Jersey. Ce nouveau deuil instille le doute sur la capacité du clan à échapper à une concurrence de plus en plus impitoyable. De plus, la convalescence de Tony crée un vide organisationnel dangereux pour l'avenir...

Tony, toujours en convalescence, poursuit le rêve étrange qu'il fait dans un état semi-comateux. Il s'imagine ainsi dans une nouvelle vie, loin des malversations et des coups tordus. Ses proches s'inquiètent encore pour sa sécurité. De son côté, Silvio peine à gérer sa charge de travail...

Sorti du coma, Tony n'a plus l'impression d'être le même homme. Le propriétaire de Barone Sanitation est décédé et son fils compte revendre l'entreprise. Paulie est appelé au chevet de sa tante Dottie, sur le point de mourir. Celle-ci lui fait d'importantes révélations sur l'identité de sa mère...

Johnny Sack veut persuader les autorités de le laisser quitter la prison afin d'assister au mariage de sa fille. Il obtient finalement un droit de sortie de six heures, mais il devra se rendre à la cérémonie escorté par deux policiers. Tony tente de prouver à tous que son coma ne l'a pas affaibli...

Tony bénéficie de l'aide de l'Italie concernant le contrat sur Rusty. Tandis que la double vie de Vito est mise au jour, Tony doit décider de son sort. Quant à Carmela, elle a bien du mal à faire redémarrer son affaire sans l'aide d'Angie...

Les problèmes ne cessent de s'accumuler pour Artie, qui voit son restaurant, le Vesuvio, déserté par ses clients, qui semblent lui préférer le Da Giovanni. De son côté, Christopher part pour Los Angeles en compagnie de Carmine. Mais sa rencontre avec le comédien Ben Kingsley ne se passe pas comme prévu...

Tony Soprano fait la connaissance de Julianna Skiff, une représentante de la société Jamba Juice, qui projette de s'implanter dans le quartier. Tony se montre intéressé par l'offre de Julianna, dont le charme ne le laisse pas indifférent. En famille, les relations entre Tony et son fils se dégradent...

Tandis que Paulie prend une décision qui pourrait lui coûter cher, Kelli annonce à Christopher qu'elle attend un enfant. Une nouvelle qui le réjouit, puisqu'il va jusqu'à lui proposer de l'épouser. Pendant ce temps, Carmela commence à douter sérieusement de la disparition d'Adriana...

Tony profite des problèmes financiers de Johnny Sack et tente de nuire à l'affaire de Carmela. De son côté, Johnny, toujours en prison, se voit proposer un marché. Alors que Bobby Bacala est blessé à l'oeil, Janice ose affronter Tony. Quant à Vito, il commence à se languir de son ancien style de vie...

Vito approche Tony et lui annonce qu'il souhaite retravailler avec lui. Tony lui fixe un rendez-vous pour en discuter. Phil apprend que Vito est de retour en ville et prépare sa vengeance. Pendant ce temps, Carmela et Rosalie passent des vacances à Paris. Elles sont émerveillées par la ville...

Christopher sort avec Julianna Skiff, qui travaille dans l'immobilier. Il ne sait pas comment l'annoncer à Tony, mais cela n'est que le cadet de ses soucis depuis qu'il est devenu fumeur de crack. Tony décide qu'il est temps d'organiser des représailles contre Phil pour ce qu'il a fait à Vito...

Tony se revoit en 2004, lorsqu'il avait assisté à l'arrestation de Johnny Sack par les fédéraux. Il s'était alors enfui dans les bois en jetant son arme dans la neige. Un enfant, qui avait tout vu depuis sa maison, avait alors ramassé son arme. La police demande aujourd'hui des comptes à Tony...

La lutte qui oppose les différents clans pour la maîtrise des affaires à New York se poursuit. Malgré toutes les précautions d'usage qu'il a pu prendre, Silvio est pris dans la tourmente à son tour. Pendant ce temps, Tony Soprano en apprend un peu plus sur les états d'âme de son neveu Christopher...

Prenant peur suite à une enquête fédérale, Tony Soprano part en Floride pour se faire oublier quelque temps. Il emmène Paulie avec lui. Une fois au soleil, c'est l'occasion pour les deux hommes de faire le point sur leur parcours commun. De son côté, l'oncle Junior organise un tournoi de poker clandestin...

Se sentant un peu démunie, Marie Spatafore réclame de l'aide auprès de Tony : il s'agit en effet de donner un coup de main à Vita junior. Les relations entre Tony et Hesh ne sont pas au beau fixe, c'est le moins qu'on puisse dire. Enfin, AJ doit prendre une importante décision au sujet de son avenir...

Le fils de Tony Soprano traverse une période de dépression après sa rupture avec Blanca. Le grand patron fait tout son possible pour que son fils retrouve le sourire et l'encourage fortement à fréquenter des étudiants. Quant à Christopher, il se sent rejeté par la bande après sa décision d'arrêter l'alcool...

Christopher et Tony sont victimes d'un accident de voiture. L'état de santé de Christopher est inquiétant, mais il a des chances de survivre. Tony décide alors de tuer son cousin avant l'arrivée des secours...

Tony entreprend de combler le fossé qui sépare la famille installée au New Jersey de celle de New York. AJ continue de déprimer. Bien qu'il soit suivi par un thérapeute, il tente de se suicider. Il est sauvé in extremis par son père. De son côté, Meadow a maille à partir avec un de ses associés...

Phil Leotardo décide d'attaquer le clan des Soprano. Tony propose à ses lieutenants de frapper en premier et fait venir ses cousins d'Italie.

Tony et ses hommes sont contraints de rester à l'abri tant que continue la guerre des gangs. Tony ne sort que pour tenter de négocier une trêve avec les autres familles ou chercher des informations sur Phil Leotardo. Pendant ce temps, dans l'abri, de tendres sentiments naissent entre AJ et Rhiannon...