Six mois ont passé. Jake vit désormais dans une famille d'accueil, à Salem. Tout bascule lorsqu'il reçoit un appel téléphonique menaçant de Chucky. A Hackensack, Michelle Cross est en thérapie. Pour l'aider à surmonter sa peur des poupées, sa thérapeute lui donne un jouet qui, d'après elle, n'est pas possédé.

La poupée Chucky qui a été livrée au pensionnat prend vie. Elle commet un premier méfait en provoquant le décès d'une nonne par crise cardiaque avant de prendre sa victime en photo. Après avoir découvert la présence de Chucky dans l'école, Jake lui fait face jusqu'à l'intervention malencontreuse du directeur.

Lexy découvre que le téléphone de Chucky ne contient qu'un seul contact, un certain Colonel. Lorsque la poupée refuse de lui livrer la moindre information, Jake a l'idée de la reconditionner psychologiquement pour s'en faire une alliée. Son plan a l'air de fonctionner, Chucky se montrant étrangement docile.

Glen et Glenda, persuadés que leur mère est en fait Jennifer Tilly, lui révèlent qu'ils ont organisé une fête surprise à laquelle ils ont convié ses proches, parmi lesquels Gina Gershon, Joe Pantoliano et sa soeur, Meg. Tiffany engage alors un majordome, Jeeves, pour garder la chambre de Nica.

Les deux Chucky se battent dans le bureau du père Bryce. La poupée docile, qui s'est donnée le surnom de gentil Chucky, parvient à prendre le dessus sur son adversaire et l'achève en le crucifiant. Devon trouve que Jake se montre bien trop confiant vis-à-vis de Chucky. Pendant ce temps, Tiffany doit gérer les conséquences de la fête.

Lexy et Devon s'aventurent seuls dans la forêt. Là, ils découvrent que le Colonel retient et torture atrocement Andy depuis un an. Ils prennent également conscience que le docteur Mixter était la thérapeute de Charles Lee Ray lorsqu'il était enfant et qu'elle participe à la vengeance de Chucky.

Tout le monde, y compris les poupées tueuses, se trouve réuni dans le pensionnat. Le père Bryce demande au Vatican l'autorisation de pratiquer un exorcisme sur Chucky. La réponse du pape ne se fait pas attendre : le prêtre est excommunié. Il décide malgré tout de procéder au rituel avec l'aide des survivants.

Les trois amis rentrent à Hackensack pour les vacances de Noël. Jake et Devon, tous deux orphelins, sont hébergés par les parents de Lexy. Malheureusement, Chucky et Tiffany sont, eux aussi, de retour dans la petite ville. Tiffany veut récupérer Belle, la poupée de Caroline, avec l'intention de transférer l'âme de Glen dans le jouet.