Tom Keen est contacté par une personne qui souhaite lui parler de son père, qui a été assassiné quelques semaines plus tôt. Mais contre toute attente, l'homme qui se présente au rendez-vous est son père en personne. Quelqu'un a bien tenté de l'assassiner, mais il a réussi à sauver sa peau...

En déplacement au Kyrkistan pour un reportage sur des rumeurs de tortures et de répressions, Kevin Jensen, un journaliste new-yorkais, est arrêté par les autorités du pays pour espionnage. Tom et l'équipe de Halcyon montent une opération pour sauver ce reporter, très proche de Scottie...

Tom se rend sous couverture dans une ville de Russie. Celle-ci est la reconstitution d'une ville américaine moyenne et sert pour former des espions en vue de missions aux Etats-Unis. Scottie, qui ignorait tout de cette opération conjointe du Pentagone avec Halcyon, charge son assistante d'enquêter sur son mari...

Lorsque d'impitoyables terroristes réussissent à s'échapper d'une prison secrète située à Manhattan, Tom et son équipe sont chargés de les traquer et de les retrouver avant qu'ils ne commettent de sérieux dégâts dans la ville. Tout est mis en oeuvre pour les arrêter au plus vite. La ville est bouclée...

A la recherche de voleurs qui dérobent du matériel classifié, Tom et Solomon embarquent incognito à bord d'un vol international qui pourrait être détourné.

Halcyon est contacté par une compagnie d'assurance afin de monter une opération de secours. Il s'agit d'exfiltrer un chef d'entreprise kidnappé avec sa femme et son fils de 9 ans. De son côté, Tom demande l'aide de Nez afin de sauver Howard, prisonnier de Solomon pour le compte de Scottie...

Des tensions voient le jour entre Howard et Scottie, ce qui oblige les membres de l'équipe à trouver de l'aide auprès d'un allié inattendu. Après que Scottie a découvert l'identité de Tom et ordonné qu'il soit torturé pour obtenir davantage d'informations, celui-ci s'échappe d'Halcyon. Il sollicite l'aide de son père, espérant enfin découvrir le secret du mystérieux Whitehall...

Scottie et Howard luttent pour reprendre le contrôle d'Halcyon et de la technologie liée à Whitehall. Tom, Nez et Solomon vont devoir choisir leur camp. Tom a une vive altercation avec monsieur Solomon. Faisant des recherches sur certaines irrégularités dans les opérations d'Halcyon, Kat fait une découverte sidérante...