Marcelino, un petit garçon de 6 ans, se promène dans la forêt lorsqu'il rencontre une gitane qui dit très bien le connaître et lui raconte son histoire : au cours d'une tempête de neige, une pauvre femme a abandonné son bébé devant un monastère. Malheureusement, le nourrisson a été enlevé par un sanglier...

C'est l'été et la chaleur est trop intense pour rester enfermé et étudier. Dès que l'opportunité se présente, Marcelino sort prendre l'air. Il propose ses service à frère Poppy qui l'envoie chercher des oeufs. En cours de route, Marcelino constate que tous les animaux sont endormis...

Marcelino veut rendre visite à Nurse, la cigogne, pour l'interroger sur sa mère. Malheureusement, alors qu'il est dans son nid, tout en haut du clocher de l'église, il chute. Pendant ce temps, le Duc exige qu'on lui serve des oiseaux pour le petit déjeuner. Caliban, le chasseur, pose des filets dans la forêt...

Pendant que les moines prient dans la chapelle, Marcelino va se promener en forêt à la rencontre de ses amis animaux. Attaqué par Ivan, le sanglier, le garçon est sauvé par le cerf Veleto. Celui-ci lui raconte ensuite la légende de l'enfant des mille lunes...

Lorsque Remé, la poule, pond un oeuf en or, le coq lui demande de le jeter dans le puits. En se penchant, Marcelino tombe aussi dans le puisard et atterrit dans un monde étrange peuplé de monstres, de lutins et de diverses autres créatures. Le garçon doit trouver un moyen de sortir de cet univers souterrain...

Marina, 14 ans, la nièce du Duc, séjourne quelques jours dans le château de son oncle. Alors qu'elle se promène en voiture avec son parent, elle aperçoit Marcelino qui joue avec son chien et a l'air de beaucoup s'amuser. Elle se met en tête de faire venir Marcelino au château pour lui tenir compagnie...

Marina, la petite duchesse, a décidé d'apprendre à Marcelino les bonnes manières. Ils partent à cheval, mais celui de Marina s'emballe et malgré les efforts de Marcelino pour le stopper, Marina fait une chute et s'évanouit. Marcelino, qui a trouvé de l'aide auprès de Veleto ramène l'adolescente au château...

Une grande chasse se prépare. Heureusement, Don Diego, le fantôme, révèle à Marcelino le lieu où les chasseurs vont se réunir. Le garçon prévient aussitôt les animaux qui organisent alors leur défense. Certains vont se cacher tandis que d'autres tendent des pièges aux humains...

Le Duc tend un piège à Marcelino qu'il enferme dans la salle des trophées puis dans la porcherie. Don Diego demande au garçon d'intervenir pour sauver les animaux qui sont tous menacés d'être envoyés à l'abattoir. Le fantôme emmène Marcelo dans les sous-sols du château à la rencontre du rat Spartacus...

Profitant de l'absence du prieur, les moines organisent une fête pour célébrer le retour de Marcelino. Après avoir raconté ses aventures au château et beaucoup joué, le garçon tombe de fatigue. Il s'endort dans la cheminée et n'est retrouvé par les moines qu'au moment où le père supérieur rentre au monastère...

Kim, un singe échappé d'un cirque, s'introduit dans la chambre de Marcelino. Chacun enviant la vie de l'autre, ils décident d'échanger leur place. Ainsi, Marcelino rejoint le cirque, accompagné du chien Léo. Mais le garçon, tout comme Kim, réalise vite que l'herbe n'est pas plus verte ailleurs...

Le jeudi est jour de marché au village. Marcelino y accompagne frère Oiseau, puis se rend dans la forêt où il rencontre un inconnu qui semble totalement perdu. En fait, l'homme est un magicien qui hypnotise le garçon. Marcelino le ramène au monastère et le baptiste Jeudi...

Jeudi hypnotise les moines et les fait régresser à l'état d'enfants avant de quitter le monastère. Au moment moment, le Duc se présente à la porte du prieuré. Il veut faire signer des documents au prieur l'autorisant à transformer les lieux en parc d'attractions. Heureusement, Marcelino veille...

Marcelino tente toujours d'aider Jeudi à retrouver la mémoire. Dans la forêt, les deux amis croisent Ouro, un bandit au grand coeur, qui les emmène à son campement. Là, Marcelino s'éprend de Maria, une fillette de son âge. De son côté, Jeudi retourne à l'endroit précis où Marcelino l'avait trouvé...

Jeudi a maintenant retrouvé la mémoire et voudrait à son tour faire quelque chose pour remercier Marcelino et les moines. Le prieur lui explique qu'un méchant bûcheron, protégé par le Duc, exploite des enfants abandonnés. Le lendemain, déguisés en pauvres, Jeudi et Marcelino se rendent à la cabane du bûcheron...

Le docteur Matéo, un vétérinaire et vieil ami du père prieur, invite Marcelino chez lui. Le garçon l'accompagne également lors de ses visites à ses patients à plumes et à poils. Sa présence va s'avérer bien utile. En effet, en parlant avec les animaux, Marcelo va aider le vétérinaire à mieux les soigner...

Marcelino et le docteur Matéo sont contraints de passer la nuit dans la forêt lorsque la camionnette du vétérinaire tombe en panne. Au petit matin, ils sont attaqués par deux bandits. Ceux-ci sont rejoints par un troisième homme qui s'avère être Ouro. Le brigand a justement besoin de l'aide du docteur Matéo pour soigner son cheval...

Le docteur Matéo apporte des sacs de graines pour les poules du monastère. Marcelino les distribue, mais seule Remé les mange. La poule grossit à vue d'oeil, tandis que le perroquet du vétérinaire, lui, maigrit et rapetisse. Honteuse, Remé prend la fuite et tombe entre les mains du cuisinier du Duc...

La malheureuse Remé, transformée en poule géante, a été attrapée par le Duc. Celui-ci l'utilise pour accuser les moines de sorcellerie et les menacer de les mettre à la porte. Interrogé par Marcelino, le docteur Matéo admet que ce sont ses graines qui sont responsables de cette mutation...

Une montgolfière se pose près du monastère lors d'une tempête de neige. Le prieur accepte d'héberger Sylvia, la pilote, à condition qu'elle n'interfère pas dans la vie des religieux. Mais, dès le lendemain matin, celle-ci entreprend de se mêler de tout. Elle va jusqu'à réparer une vieille horloge...

Marcelino et Sylvia se retrouvent coincés dans un passage secret derrière le mur. Alors qu'ils tentent de trouver une issue, ils entendent un grand bruit et découvrent le père prieur encore assis sur son fauteuil après que celui-ci a traversé le plancher de son bureau. Le religieux a sa petite idée quand à l'origine de ce passage souterrain...

Une nuit, un inconnu se présente à la porte du monastère et demande le gîte et le couvert. Les moines ne le connaissent pas, contrairement à Marcelino qui reconnaît Don Diego. Le fantôme demande au garçon de l'aider à trouver enfin la paix. Pour cela, Marcelino devra réussir trois épreuves...

Jeudi invite Marcelino à New York. Sans prévenir les moines, le garçon se met aussitôt en route, mais le trajet va lui réserver bien des surprises. Après avoir embarqué sur un canot qui va très vite couler, Marcelino est sauvé par un dauphin puis monte à bord d'un navire qui semble désert...

La tempête provoque le naufrage du navire du capitaine Jonas. Marcelino et le marin se réfugient sur un canot avant de s'échouer sur une île déserte. Cependant, en allant chercher de l'eau, Marcelino réalise qu'ils sont tout près de la civilisation. De leur côté, les moines poursuivent leurs recherches...

Les moines, qui préparent le sixième anniversaire de Marcelino, ont confié leur protégé à Matéo. Mais celui-ci, plongé dans un grimoire qui raconte la légende de l'enfant des mille lunes, ne voit pas l'enfant s'éclipser dans la nuit. Veleto a besoin de lui : il va céder son rôle de roi de la forêt à Ivan...

Le jour de son anniversaire, Marcelino semble inconsolable. Tous ses amis sont réunis en son honneur, mais rien n'y fait. Dans la nuit, il apporte une part de gâteau à son ami du grenier. Celui-ci lui demande quel est son voeu le plus cher. Le garçon répond sans hésiter qu'il voudrait retrouver sa mère...