Début du XXIVe siècle. L'impératrice Philippa Georgiou rejoint la mystérieuse Section 31, une division secrète de Starfleet chargée de protéger la Fédération des planètes unies. Cette unité ne rend de comptes à aucune autorité supérieure et oeuvre souvent à la limite de la légalité. Philippa, une dure à cuire machiavélique, va devoir faire ses preuves tout en affrontant son lourd passé...