Pike risque le tout pour le tout, emmenant l'Enterprise dans une périlleuse mission de sauvetage derrière les lignes ennemies, tandis que l'équipe au sol tente d'échapper à un ennemi mortel.

Alors que Spock et l'équipage de l'Enterprise font le point sur leur passé, leur présent et leur futur lors d'une célébration de la Fédération, les festivités sont interrompues par l'apparition d'un invité indésirable.

Pike et M'Benga se faufilent dans une zone revendiquée par les Klingons afin de trouver un remède pour Batel. Les secrets de M'Benga sont révélés et son passé revient le hanter sur une planète infestée de créatures mortelles.

Lorsque La'An teste un prototype de holodeck avec un cas fictif qu'elle est la seule à pouvoir résoudre, les conséquences d'un échec deviennent de plus en plus importantes, et l'Enterprise est en jeu.

La quête de Chapel et Korby pour découvrir la prochaine étape de l'évolution humaine conduit l'Enterprise sur une planète où d'anciennes ruines cachent un mystère plus profond et un secret terrifiant.

Le premier jour de James Kirk dans le fauteuil du capitaine de l'U.S.S. Farragut prend une tournure désastreuse lorsque l'Enterprise est capturé par un vaisseau pirate. Mais la menace de celui-ci n'est pas exactement ce qu'elle semble être...

L'Enterprise escorte un transport de fret pour aider une planète ravagée par la guerre, mais des vérités controversées à ce sujet amènent Pike et l'équipage à se retrouver sous la loupe d'un journaliste d'investigation qui filme la mission.

Après une mission de l'Enterprise exigeant que plusieurs membres de l'équipage se transforment en Vulcains, de nouveaux problèmes surgissent lorsqu'il est temps pour eux de redevenir humains.

Lorsqu'Ortegas s'écrase sur une lune mortellement toxique, où les chances de survie sont minces, elle se retrouve bloquée et forcée de remettre en question ses croyances les plus profondes pour survivre.

Lorsqu'une ancienne force maléfique refait surface, Pike doit prendre l'une des décisions les plus difficiles de sa vie pour empêcher le mal de se propager.