En haute mer, un marin est assassiné sur un cargo de la marine marchande suisse. Aurélie Mercier, une ex-inspectrice mutée à la municipale, reprend du service et se rend au Cap pour rapatrier Florian, un suspect que tout accuse. Lui clame son innocence et dit chercher Julia, sa petite amie...

En état d'arrestation au Cap, Florian raconte à Aurélie que Julia, paniquée, l'a appelé du cargo une semaine plus tôt, l'exhortant à la rejoindre à Rio où il ne l'a jamais trouvée. C'est pour la rechercher qu'il s'est fait recruter à bord du navire. Le capitaine, lui, affirme avoir débarqué Julia à Dakar...

Aurélie découvre qu'une passagère cache trois clandestines philippines victimes de trafic sexuel dans la soute. Depuis la mort de l'armateur de C&M Marine Cariers, sa veuve dirige d'une main de fer la compagnie avec son beau-fils. Une des Philippines avoue à Aurélie avoir été témoin du meurtre du matelot...

Aurélie parvient in extremis à empêcher l'enlèvement de la caisse mystérieuse et découvre ce qu'elle renferme. Elle arrête le capitaine et son complice Tonio, puis prend le commandement du navire. Mais un marin complice des mafieux garde Florian en otage et prend le contrôle du cargo par les armes...