Liz et Reddington sont repartis avec l'agent Keen et l'ont rejoint sur la liste des personnes les plus recherchées par le FBI. Le directeur Cooper, démis de ses fonctions, a été remplacé par l'agent Ressler. Tous ces changements modifient profondément les liens qui unissent les agents et leurs supérieurs. Une saison 3 qui intègre de nombreuses modifications pour des scénarios renouvelés.