Le professeur Pyg et monsieur Crapaud enlèvent plusieurs millionnaires de Gotham City, comme Simon Stagg, Michael Holt et Alfred, qu'ils prennent pour Bruce Wayne. Ce dernier endosse son costume de Batman pour se lancer à la poursuite des criminels et libérer leurs otages avant qu'il ne leur arrive malheur...

Une nouvelle criminelle est en ville : Magpie. Dotée de griffes à la place des ongles, capable de voler les souvenirs de ses victimes et insensible à la douleur, elle se révèle une adversaire coriace pour Batman. Mais le justicier de Gotham n'est pas seul à la poursuivre : le lieutenant Gordon cherche aussi à la mettre derrière les barreaux...

Anarky est à Gotham, où il prépare un plan pour nuire à Batman, enrôlant deux brutes des rues. Cependant, Anarky a d'autres projets, bien plus dévastateurs. Il ignore que Batman dispose d'une nouvelle alliée en la personne de Tatsu, qui devient une super-héroïne sous le nom de Katana...

Bruce Wayne engage le scientifique Jason Burr pour qu'il travaille sur une nouvelle source d'énergie révolutionnaire. Cette nouvelle attire l'attention de la Ligue des Assassins, qui tente de kidnapper le chercheur. Bruce cache Jason dans son manoir et le laisse à la garde d'Alfred et Katana...

Des soldats jouets de taille réelle font leur apparition dans les rues de Gotham, où ils sèment la panique. Batman découvre qu'il ne s'agit pas de robots mais de personnes prisonnières d'enveloppes explosives. Il remonte une piste qui le mène à un ancien comptable de la pègre, Humphrey Dumpler...

Intervenant sur une effraction dans les laboratoires de l'industrie Stagg, Batman sauve un agent de sécurité nommé Rex Mason, qui a été exposé à un gaz toxique. Bientôt, Rex commence à muter et développe des super-pouvoirs. Terrifié, il s'enfuit. Batman tente de le retrouver pour le soigner...

La Ligue des Assassins sait où se trouve l'épée Soultaker, mais Katana refuse de la leur donner. Silver Monkey décide de kidnapper Bruce Wayne afin de l'échanger contre l'arme. Mais Katana intervient et sauve Wayne. Ce dernier parvient à endosser son costume de super-héros pour aider son garde du corps...

Le lieutenant Gordon est sur le point de réunir assez de preuves pour envoyer Tobias Whale, un criminel notoire de Gotham City, en prison. Ayant vent de ses projets, Tobias enlève la fille de Gordon. Le policier demande de l'aide à Batman, qui découvre rapidement l'endroit où est détenue la jeune fille...

Lady Shiva cherche toujours à accéder au Cortex ionique. Elle envoie un de ses meilleurs agents, Cypher, chercher des informations directement dans l'esprit de Jason Burr. Batman et Katana doivent arrêter cet ennemi redoutable, un androïde capable de manipuler les esprits. Katana se fait capturer...

Anarky vole la Ligue des Assassins et accuse Batman du forfait. Parallèlement, il dit au justicier où trouver Lady Shiva. Batman se rend sur place avec Katana, même s'il sait que cela n'est qu'un piège. Au cours de l'affrontement qui suit, une toxine mutagène est libérée, mettant tout le monde en danger...

Le professeur Pyg et monsieur Toad sont de retour à Gotham, où ils se préparent à commettre des méfaits dans le monde de la haute couture. Ils laissent derrière eux des indices que Batman parvient à déchiffrer, dévoilant ainsi leur véritable objectif : faire exploser un yacht où se tient un défilé de mode...

A l'insu d'Alfred et de Katana, Batman se rend au pénitentiaire où est détenue Magpie. Il espère l'aider à retrouver la mémoire. C'est uniquement lorsqu'elle aperçoit Katana que Magpie commence à retrouver ses souvenirs. Elle éprouve alors le désir de tuer l'associée de Batman...

Jason Burr donne le Cortex ionique à la Ligue des Assassins. Lady Shiva sort Ra's al Ghul de son animation suspendue et l'accompagne pour affronter Batman. Le justicier de Gotham, en dépit du soutien de Katana et d'Alfred, a le dessous. Il est capturé par son ennemie, laissant ses amis désemparés...

Batman forme une alliance de circonstance avec Silver Monkey pour échapper à la Ligue des Assassins. Pendant ce temps, Katana, Alfred, le lieutenant Gordon et Barbara s'organisent pour nettoyer Gotham des spectres et des criminels qui y rôdent depuis une coupure de courant organisée par Ra's al Ghul...

Ra's al Ghul réunit tous les super-vilains que Batman a vaincus, du professeur Pyg à Tobias Whale. Il leur propose de s'unir pour éliminer le justicier puis de se partager la ville. Batman, de son côté, cherche à trouver Ra's al Ghul pour sauver ses partenaires et la cité pendant que Gordon cherche à neutraliser le Cortex ionique...

Les premières années de Bruce Wayne sous le masque de Batman, super-héros engagé contre le crime organisé, secondé dans sa tâche d'une fine équipe de justiciers.

Batman et Katana s'associent à Rex Mason, aussi connu sous le nom de Golem de l'ancienne Gotham pour qu'ils combattent une armée de voyous. En outre, ils esquivent aussi l'Unité Spéciale du Crime, une nouvelle organisation créée par Harvey Dent...

Batman, Katana, le commissaire Gordon, le maire Grange et Tobias Whale se réveillent prisonniers de Humpty Dumpty. Ce dernier leur a préparé un jeu étrange...

Un maître cambrioleur, La Clé, dérobe un élément capital pour un logiciel. Etant incarcéré à Blackgate, Batman se fait passer pour un détenu pour l'approcher...

Batman est hanté par un mystérieux humanoïd volant dénommé Bat mais va rapidement se rendre compte qu'il est bien réel. Il est le résultat expérimental du professeur Pyg et de l'armée animale d'humains mutants de Mister Crapaud. Pendant ce temps, Alfred tente de régler les problèmes personnels de Bruce...

Une amie de Bruce Wayne vient à lui pour obtenir son aide, alors que son père a été cloné par une mystérieuse organisation pour créer une armée de super chasseurs d'hommes...

Voulant se débarrasser de Batman, Harvey Dent s'allie avec Anarky, qui recrute un nouveau vilain pour prendre la place de Batman, Deathstroke...

Quand Batman et Katana sont pris en embuscade dans le métro de Gotham par Killer Croc, il est du devoir de Barbara Gordon de les sauver. Mais cette dernière a un rendez-vous...

Quand Bruce Wayne est assassiné par Batman, il se fait passer pour mort afin de commencer sa recherche sur le faux Batman, un imposteur...

Batman continue de travailler dans le secret afin de trouver des réponses à ses questions, tandis que Harvey Dent se remet de ses blessures à l'hôpital de Gotham. En accusant Batman de tout les maux, il promulgue la loi martiale dans Gotham...

Quand Alfred est pris en otage par Deathstroke à l'intérieur de la Batcave, Batman doit lui faire face seul. Harvey Dent révèle alors sa vraie nature...