Hakodate, région d'Hokkaido, dans le nord du Japon. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. Parallèlement, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de la ville. Place à une chasse au trésor épique pour le détective Conan...